Pusztaszer környéke igen értékes természeti szempontból, a Pusztaszeri Tájvédelmi Körzet része. A legértékesebb a Pusztaszer határában található Büdös-szék, hivatalos nevén Dongér-tó (bár ezt az elnevezést kevesen használják), amely egyaránt része a Natura 2000 hálózathoz tartozó Alsó-Tisza-völgy (HUKN10007) különleges madárvédelmi területének (SPA), illetve a vizes élőhelyek védelmére kijelölt Pusztaszer ramsari-területnek is. Ez a sekély vizű, szikes tó aszályos időben teljesen kiszárad. Növényvilága egyedülálló, a Kiskunság homokpusztai növényei keverednek a szikes ürmös-csenkeszes szikes puszta fajaival. A növények közül a ritka vetővirág (Sternbergia colchiciflora) áll természetvédelmi oltalom alatt. A terület legkiemelkedőbb természeti értéke a madárvilága, eddig több mint 220 fajt figyeltek meg. Számos fokozottan védett faj is előfordul, ilyen például a piroslábú cankó (Tringa totanus), a nagygoda (Limosa limosa), a széki lile (Charadrius alexandrinus), a gulipán (Recurvirostra avosetta) vagy a gólyatöcs (Himantopus himantopus). A területen védett hüllő fajok is megtalálhatók, mint a vízisikló (Natrix natrix) vagy a mocsári teknős (Emys orbicularis).
